Обнулить все отрицательные элементы массива и посчитать количество остальных.

Var
  counter, i, N:integer;
  mas:array[1..9999] of integer;

begin
  readln(N);
  for i:=1 to N do
    readln(mas[i]);
  for i:=1 to N do
    if mas[i]<0 then
      mas[i]:=0
    else
      counter:=counter+1;
  for i:=1 to N do
    write(mas[i],' ');
end.