Paint.NET создан как проект старшекурсников по компьютерным наукам весной 2004 года. Рик Брюстер, один из основных разработчиков, в своём блоге сказал, что версия 1.0 была написана «за 4 месяца… и содержала 36 000 строк кода»[7]. Недавний[уточнить] релиз, версия 3.10 — приблизительно 140 000 строк кода. Проект Paint.NET продолжался летом и по осенний семестр 2004 г., в результате чего появились версии 1.1 и 2.0.
Двое выпускников Университета штата Вашингтон, которые работали над проектом в студенческие годы, продолжают его развитие и сейчас[уточнить], являясь сотрудниками Microsoft.
По состоянию на май 2006 года программа была загружена по крайней мере 2 миллиона раз[8], с частотой порядка 180 000 в месяц[9].
