Объектом исследований А. Маргулана были различные памятники древней архитектуры. Им были открыты уникальные археологические памятники эпохи бронзы и раннего железа, такие как Бегазы, Беласар, Сангуыр и др.
Результаты археологических исследований территории Центрального Казахстана были обобщены в монографиях «Древняя культура Центрального Казахстана», «Бегазы-дандыбаевская культура Центрального Казахстана» и «История Казахской ССР» в пяти томах. С середины 1950-х годов под руководством учёного осуществляется сбор информации и материалов о выдающемся казахском учёном-просветителе Ч. Ч. Валиханове.
