У этого есть ряд главных притоков в Колумбии, Эквадоре и Перу, некоторые из которых текут в Мараньон и Укаяли, а другие непосредственно в собственно Амазонку. К ним относятся реки Путумайо, Какета, Ваупес, Гуайния, Морона, Пастаза, Нукурай, Уритуйяку, Чамбира, Тигре, Нанай, Напо и Уаллага.
