Баргузинский заповедник находится на северо-восточном побережье озера Байкал в центральной части западных склонов Баргузинского хребта (наивысшая точка 2652 м).
Заповедник находится в Бурятии, на территории Северо-Байкальского района. Исторический центр — Давша; с 2012 года управление заповедником располагается в посёлке Усть-Баргузин.
