На берегах Онежского озера расположены города Петрозаводск, Кондопога, Медвежьегорск, посёлок городского типа Повенец. Озеро судоходно, является частью водной магистрали, входящей в состав Волго-Балтийского водного пути и Беломорско-Балтийского канала, связывающей бассейны Балтийского, Каспийского и северных морей. Через систему каналов и рек грузы из Петрозаводска могут быть отправлены в любые страны прибрежной морской зоны: от Германии до Ирана. Вдоль южного берега озера от реки Свирь до реки Вытегра прорыт Онежский судоходный канал
На берегах Онежского озера расположено 2 порта (Петрозаводский порт и порт Медвежьегорск), 5 пристаней (Кондопога, Повенец, Шала, Вытегра, Вознесенье) и несколько остановочных пунктов
Регулярного пассажирского сообщения по озеру нет, но регулярно несколько раз в день во время навигации по маршрутам Петрозаводск — Кижи и Петрозаводск — Великая губа ходят туристические теплоходы и «метеоры». Кроме того, пассажирские суда ходят по маршруту Петрозаводск — Шала
На акватории Онежского озера с 1972 года ежегогодно в конце июля проводится крупнейшая в России «Онежская парусная регата» — открытый чемпионат России по парусному спорту среди крейсерских яхт
В озере развито рыболовство. Наиболее важное промысловое значение имеют следующие 17 видов: ряпушка, корюшка, сиги, налим, судак, плотва, ёрш, окунь, лещ,щука, лосось и палия; меньшее — язь, хариус, елец, уклея и карась
