На территории страны расположено более 700 озёр.Но в основном это мелкие озёра (площадь до 0,3 км²).В основном они расположены на высокогорье, недалеко от ледников.
Самым большим озером является Иссык-Куль, которое входит в 30 крупнейших озёр мира, оно стоит на седьмом месте по глубине.Озеро расположено на высоте более 1,5 км.Это бессточное озеро, непригодное для орошения из-за большого количества различных солей.
Ещё одно крупное озеро-это Сонкёль.Оно расположено на высоте более 3 км.
Самым крупным водохранилищем считается Андижанское или Кемпир-Абадское.
