Океанографические исследования также проводились И. Ф. Крузенштерном и Ю. Ф. Лисянским (1803-1806 гг.). Следующим важным вкладом стали исследования Ч. Дарвина, который получал геологические, экологические и биологические данные. При этом Дарвин сформировал теорию происхождения атоллов, которая действенна до сих пор. Первые глубоководные промеры Индийского океана (до 5000 м), вероятно, выполнил Д. Росс в 1840 – 1843 гг. Развитию глубоководных исследований также по работы по прокладке подводных телеграфных кабелей.
Началом второго периода изучения Индийского океана ознаменовалось в 1873-1876 гг. первой кругосветной океанографической экспедиции «Челенджера» под руководством профессора Уайвила Томсона, члена Британского королевского общества. Этой экспедицией были выполнены комплексные исследования, включавшие физические, химические, биологические и геологические наблюдения.
