Как любой другой горный район, Джунгарский Алатау изобилует широко разветвлённой речной сетью — Лепсы, Тентек, Аксу, Каратал, Кора и многочисленными озёрами. В 15 км от села Лепси на высоте 1635 м над уровнем моря находится живописное озеро Жасылколь. Самый протяжённый ледник хребта — ледник Абая (около 10 км), наиболее типичный — Ледник Берга.
