ильменская территория имеет низкогорный рельеф. в среднем хребты возвышаются на 400-450 метров над уровнем моря. самая большая отметка – 747 м. на востоке заповедника есть небольшие возвышенности, больше 80 процентов которых заняты лесными массивами. и только 6 % - степями и лугами. на вершинах хребтов растут лиственные и сосновые леса, сосновые – на юге, а березовые – на севере. в западной части заповедника есть кустарниковые и каменистые степи и болота, покрытые мхом.
