Климат резко континентальный, с коротким жарким летом и длинной морозной зимой. Среднегодовая температура воздуха в долинах составляет 0… +5 °C (теплее всего в Чемале), что является самой высокой температурой для Сибири. В горах среднегодовая температура воздуха опускается до −6 °C (село Кош-Агач).
