Родился 5 марта 1512 года в Рупельмонде (нем.)русск. (Восточная Фландрия, ныне Бельгия). В то время Фландрия была частью Нидерландов. Меркатор наиболее известен как автор картографической проекции, носящей его имя. Меркатор впервые применил эту равноугольную цилиндрическую проекцию при составлении навигационной карты мира на 18 листах (1569 год). Проекция Меркатора отличается тем, что на картах не искажаются углы и формы, а расстояния сохраняются только на экваторе. В настоящее время она применяется для составления морских навигационных и аэронавигационных карт. Хотя в результате современных историко-картографических исследований установлено, что такая проекция использовалась ещё в 1511 году, широкое применение она получила лишь благодаря Меркатору.
Герард был седьмым ребёнком в семье, жившей достаточно бедно. Его отец, Губер Кремер, был сапожником и фермером-арендатором. Следует отметить, что и отец, и мать Герарда не были уроженцами Рупельмонде (Рюпельмонде), но происходили из немецкого городка Гангельте, расположенного на границе с Нидерландами. В Рупельмонде же у Губера были многочисленные родственники, которых он иногда навещал. Во время одной из поездок супругов Кремер в Рупельмонде у них родился сын Герард. Через несколько лет после его рождения семья переехала в Рупельмонде на постоянное жительство.
Когда Герарду (по-фламандски он звался Gheert Cremer) исполнилось 14 или 15 лет, его отец умер, и семья осталась без средств к существованию. Воспитателем Герарда стал дядя его отца — кюре Гизберт Кремер. Благодаря ему Герард получает образование в гимназии небольшого городка Хертогенбос. Здесь изучались основы богословия, классические древние языки и начала логики. Одним из учителей Герарда был Макропедий. Предположительно, именно в гимназические годы Герард, следуя моде того времени, «перевёл» свою немецкую фамилию Кремер («торговец») на латынь — и стал Меркатором. Гимназию он оканчивает очень быстро, за три с половиной года, и почти сразу же (29 сентября 1530 г.) продолжает обучение в Лувенском (Лёвенском) университете (ныне — на территории Бельгии), вновь благодаря поддержке Гизберта Кремера. Лувен был крупнейшим научным и учебным центром Нидерландов, в нём находилось 43 гимназии, а его университет, основанный ещё в 1425 году, был лучшим в Северной Европе. В центр гуманистического образования и свободомыслия город превратился благодаря Эразму Роттердамскому (1465—1536), жившему некоторое время в Лувене. Меркатор стал учеником географа, гравёра и энциклопедиста Фризиуса Реньера Гемма (который был всего тремя годами старше Меркатора). После окончания университета в 1532 году Меркатор работал вместе с Гемма-Фризом над созданием глобусов Земли и Луны; одновременно занимался изготовлением точных оптических инструментов, а также преподаванием географии и астрономии.
В 1536 году Меркатор обвенчался с лувенчанкой Барбарой Шеллекен. В 1537 году он выпустил карту Палестины на 6 листах, а в 1538 году — карту мира (на ней он впервые показал местоположение южного материка, существование которого долго вызывало сомнения). Эти две работы принесли Меркатору славу выдающегося картографа, и фламандские купцы заказали ему карту Фландрии, которую он составил в 1540 году. В том же году Меркатор издал брошюру написания латинских букв, который называется итальянским курсивом». В ней автор предложил использовать курсив для единообразного написания географических имён — и его предложение вскоре было принято научным сообществом.
В следующем году император Священной Римской империи Карл V поручил Меркатору изготовить набор астрономических инструментов. В 1541 году Меркатор создал глобус Земли, спустя 10 лет — глобус Луны и в 1552 году подарил их Карлу V.
