Среди хвойных пород преобладают можжевеловые леса, затем ель тянь-шаньская, пихта Семенова, занесенная в Красную книгу Кыргызской Республики кроме того, интродуцированные сосна обыкновенная и лиственница сибирская. Общая площадь хвойных лесов составляет 284,2 тыс. га.
