Климат региона засушливый, преобладают полупустынные ландшафты. Благодаря своей узкой и длинной форме Джунгарские ворота образуют природную аэродинамическую трубу. В проходе воздух сжимается и в соответствии с законом Бернулли ускоряется, из-за чего образуются ураганные ветры (до 70 м/с). Сухой юго-восточный ветер из Китая, свирепствующий в холодное время года, называется «ибэ». При перемене погоды из казахских степей через Джунгарский проход дует северо-западный ветер «сайкан».С целью получения экономической выгоды из метеорологических особенностей района Казахстан планирует построить около озера Алаколь ветроэлектростанцию
