Климат Вакканая умеренный муссонный. Благодаря влиянию тёплого течения Куросио зимы здесь значительно мягче, чем в расположенном неподалёку Южно-Сахалинске, а также, чем в материковом Тернее, расположенном примерно на одной широте с Вакканаем. Однако всё же зимы здесь очень холодные по меркам Краснодара или Симферополя, которые находятся на той же географической широте.
