У Індійському океані флора і фауна досить багата. На мілководдях тропічного поясу ростуть корали, які з червоними і зеленими водоростями створюють справжні острови. Найвідоміші з коралових островів – Мальдівські острови. Серед міцних коралових рифів та островів мешкає безліч видів безхребетних, таких як краби, морські їжаки, губки, риби. У цьому океані знаходяться величезні ділянки густих заростей бурих водоростей. У відкритому океані переважно знаходяться планктонні водорості, а для Аравійського моря характерні синьо-зелені водорості, які є причиною цвітіння води.
Тваринний світ Індійського океану багатий також. Наприклад, серед тварин Індійського океану найбільш поширені рачки – копеподи, а також сифонофори і медузи. Живуть в океані кальмари, деякі види летючих риб, біла акула, риба-вітрильник, отруйна морська змія, кити, черепахи, тюлені. Серед птахів найбільш поширені фрегати і альбатроси. Рибні багатства Індійського океану здавна використовувалися людиною, тим більше що для багатьох жителів узбережжя, особливо на півночі, це єдине джерело доходів. Дуже розвинений промисел голотурій – трепангів, яких дуже люблять китайці. З давніх-давен тут добували перли. Прибережні райони Цейлону (Шрі-Ланка) з глибокої давнини служили джерелом алмазів, смарагдів і інших дорогоцінних каменів. У товщах осадових порід Перської затоки виявлені запаси нафти і газу.
