Впроцессе трения о шёлк стеклянная линейка приобрела положительный заряд, обмен атомами при трении не происходил, а количество протонов на стеклянной линейке и количество протонов на шёлке не изменилось, почему?

Потому что обмена атомами не происходило то и количество протонов не изменилось. И если стеклянная линейка приобрела положительный заряд, то шелк приобрёл отрицательный заряд.