Внутренняя энергия — это та часть полной энергии системы, которая не зависит от выбора системы отсчета.
Когда стакан охладили, внутренняя энергия уменьшилась, так как температура есть мера средней кинетической энергии поступательного движения молекул.
Когда стакан подняли, изменилась потенциальная энергия стакана относительно, например, поверхности, с которого его подняли. Но при этом внутренняя энергия не изменилась.
