Согласно археологическим данным, город был населен уже более 2500 лет тому назад. Существует очень много версий о происхождении названия города Андижан. Одна из версий гласит о том, что эта местность была заселена племенем «Анди», откуда и произошло название города.
Город тесно связан с именем Захириддина Бабура, праправнук Тамерлана (Амира Тимура) и основоположник империи Великих Моголов в Индии, который родился в Андижане.
Андижан входил в состав Кокандского ханства. В связи со строительством здесь железной дороги в начале 20-го века, Андижан превращается в центр экономической жизни всей Ферганской долины.
