Во-первых, соблюдение водно-воздушного режима. Корни не должны находиться полностью в воде. Они должны быть погружены во влагоемкий субстрат типа вермикулита, чтобы там находилась вода и воздух.
Во-вторых, они должны в полном объеме получать минеральные подкормки в строго необходимых им дозах. Они растут не на воде а в питательном растворе.
А как Вы думаете выращивают помидоры в теплицах крупные хозяйства? С почвой слишком много возни и в ней развиваются болезни.