Лишайники находят применение в народной медицине, а выделяемые из них лишайниковые кислоты (усниновая кислота и др. ) используются в качестве компонента лекарственных средств от некоторых кожных и других заболеваний. Также лишайники используются как биоиндикаторы. Этод метод носит название лихеноиндидикация. Он основан на особых свойствах лишайников - непереносимости загрязнений. Как красители и индикаторы. Лакмус, например, получают экстракцией из видов литорального рода Roccella. Из некоторых лишайников (Дубовый мох Evernia prunastri и др. ) получают душистые вещества, применяемые в парфюмерии. Лишайники служат кормом животным (например, ягель, исландский мох Cetraria islandica служит традиционным кормом северным оленям) .
Исландский лишайник используется в Исландии как пища для людей: из него приготавливают хлеб и кашу.
Некоторые виды лишайников используются в парфюмерии для придания стойкости духам
