Главная роль простейших в природе заключается в том, что они являются частью обмена энергии и пластических веществ, происходящих в любом биоценозе. Они чаще всего являются пищей для более крупных организмов, например, планктона, а также являются редуцентами — организмами, которые разлагают биологические останки и выделения других животных, превращая их в неорганические соединения.
Для человека простейшие являются возбудителями многих патологических процессов, например, амебиаз, дизентерию, лямблиоз, трипаносомоз и многих других. Некоторые простейшие представляют интерес для медицины, поскольку им сумели привить с методов генной инженерии некоторые полезные свойства, например выделять антибактериальные вещества и другие полезные биологические субстанции.
