Воздухом. Прирастание костей не мешает лёгким черепахи сжиматься за счет мышц воздух заглатывается при подъязычного аппарата. У мягкотелых черепах развито кожное дыхание. В воде черепахи дышат через кожу нёба, что позволяет не всплывать для дыхания во время зимовки.
