Характерная особенность пищеварительного тракта хордовых – преобразование передней части пищеварительной трубки в орган дыхания – глотку, стенки которой пронизаны большим или меньшим числом жаберных щелей (отверстий), с сетью кровеносных сосудов в стенках. Там происходит газообмен, а жаберные щели регулируют ток воды, омывающей глотку и приносящей кислород. Вода входит через рот в жаберную полость и выходит через жаберные щели. Это обеспечивает интенсивный газообмен, что необходимо для подвижного животного. Степень дифференциации пищеварительной системы в целом у бесчерепных находится примерно на уровне высших червей. Она представлена глоткой, которая ведет в кишку, открывающуюся анальным отверстием. Усложнение выражается в том, что на границе глотки и кишки имеется печеночный вырост полый внутри, что свидетельствует о развитии его из кишки. В отличии от беспозвоночных весь пищеварительный тракт хордовых представлен энтодермальной средней кишкой.Несмотря на прогрессивное развитие подвижности по сравнению с другими типами животных захвата пищи у ланцетника примитивен, но своеобразен. Пища направляется в рот работой щупальцев и, попав в глотку, опускается не ее дно, по которому тянется желобок – эндостиль. Он переходит в окологлоточное кольцо, соединяющееся с наджаберной бороздой, идущей по спинной стороне глотки. Вся эта система желобков выстлана железистым и мерцательным эпителием. Железистые клетки выделяют слизь, склеивающую пищу. Комочки ее движение ресничек гонятся вперед по эндостилю ко рту. По окологлоточному кольцу пища поднимается на спинную часть глотки в наджаберную борозду и по ней с работы ресничек продвигается в кишку.
