Внутренняя мембрана образует замкнутую область, в которой находится строма пластиды (это структура, аналогичная матриксу митохондрий). В строме также можно выделить два типа внутренних мембран.
Первый тип образует протяжённые плоские ламеллы стромы, а второй тип - мембраны тилакоидов - образует плоские дисковидные вакуоли или мешки.
В строме хлоропластов можно обнаружить молекулы ДНК, рибосомы, отложения крахмала в виде крахмальных зёрен.
