Причинами виникнення фенокопій можуть бути: гіпоксія, підвищення температури, авітамінози, алкоголь, нікотиновий дим, деякі лікарські препарати, інфекційні та інвазійні захворювання матері на ранніх стадіях вагітності (краснуха, токсоплазмоз). Дуже важливо з точки зору прогнозу ймовірності народження хворих дітей диференціювати фенокопії і мутації.
