Найдовший з витоків починається з струмка Брауер на висоті 2750 м над рівнем моря, на західному схилі гори Джефферсон. ... Офіційно Міссурі починається в місці з'єднання річок Джефферсон і Мадисон в парку штату Виток Міссурі, поблизу містечка Три-Форкс (Монтана). Галлатін впадає в неї всього за 1,6 км нижче за течією.
