В головном мозге пресмыкающихся значительно лучше, чем у земноводных, развиты полушария переднего мозга. В мозговом слое полушарий появились зачатки коры, благодаря чему формы поведения пресмыкающихся стали более сложными. В связи с подвижностью пресмыкающихся и разнообразием движений (чему наземный образ жизни) возросла роль мозжечка, который имеет большие размеры и устроен более сложно, чем у земноводных. Пресмыкающиеся хорошо ориентируются в наземной среде. Решающую роль в пространственной ориентации и общении животных играет зрение. Орган слуха чувствительнее чем у земноводных за счет больших размеров внутреннего уха. Обоняние по сравнению с земноводными так же развито лучше и играет важную роль: нахождение пищи, различие сородичей.
