У хрящевых рыб формируются основные части скелета позвоночных, у костных рыб хрящевая ткань замещается более прочной костной тканью, что упрочняет скелет в связи с прикреплением к нему развитых мышц, увеличением массы тела в пресной воде. Развитая опорно-двигательная система обеспечивает рыбам активную подвижность.
У костных рыб позвоночник состоит из позвонков, упрочняющих осевой скелет. Верхние отростки позвонков, сливаясь вверху, образуют канал, защищающий спинной мозг. Позвонки соединены между собой подвижно с сочленовных поверхностен мягкими структурами — хрящами и связками.
В скелете головы имеется сформированная черепная коробка с жесткой «крышей», которой нет у круглоротых, для защиты развитого головного мозга. В висцеральном отделе под черепной коробкой находится челюстной аппарат для захвата, удержания и измельчения крупных, часто подвижных пищевых объектов. Рыбы первые челюстноротые животные, которые могут использовать в качестве пищи любые живые организмы.
