У самцов и самок птиц есть клоака, отверстие, через которое выходят наружу яйца, сперма и продукты выделения. Совокупление происходит при соединении губ клоак самца и самки, причём у самца стенки клоаки немного выворачиваются наружу. Таким образом самец переносит сперму в клоаку самки. Этот процесс иногда называется «поцелуй клоак». У некоторых видов птиц (большинства Водоплавающих птиц) есть особый орган, фаллос, выполняющий функцию, аналогичную функции полового члена млекопитающих. Самки птиц откладывают амниотические яйца, в которых развиваются детёныши. У птиц, в отличие от большинства позвоночных, только один функционирующий яичник и яйцевод. Птицы, как и млекопитающие, проявляют высокий уровень заботы о потомстве.
У самцов семенники располагаются в брюшной полости, нет добавочных желез. Особо устроен половой член.
У самок развиты только левосторонние половые органы. Яичник имеет гроздевидное строение вследствие выбухания многочисленных фолликулов, которые отличаются размерами. Фолликулы не имеют полостей. В текальной оболочке много кровеносных сосудов. Жёлтое тело не образуется. Гормоны яичника: эстроген (вырабатывается кортикальными интерстициальными клетками); андроген (вырабатывается текальными и медуллярными интерстициальными клетками), прогестерон (продукция не известна).
Яйцевод состоит из воронки, белкового отдела, шейки, перешейка, переходящего в матку, которая взаимосвязана с влагалищем. Стенка яйцевода представлена тремя оболочками: слизистой, мышечной и серозной. Эпителий слизистой оболочки однослойный призматический, мерцательный. В собственной пластинке есть железы. Мышечная оболочка образована двумя слоями гладких мышц: внутренним циркулярным и наружным продольным. Серозная оболочка – без особенностей.
