Потому что клетки эукариот «профильные» и «занимаются» конкретным спектром заданий, а у прокариот они «многофункциональные» или, если хотите «универсальные».
Потому что для многоклеточности необходима более тонкая регуляция генной экспрессии, что не возможно без наличия ядра