Побудований з мішечків, які називають цистернами, системою трубочок і міхурців різних розмірів. Цистерни комплексу Гольджі (КГ) також полярні: до одного полюса підходять міхурці з речовинами, які відриваються від ЕПС (зона формування), з іншого полюса – міхурці з речовинами відокремлюються (зона дозрівання). У клітинах комплекс Гольджі розміщений, здебільшого, поблизу ядра.
