Простейшие обитают в водной среде и почве, занимают различные трофические уровни. Как хищники они питаются одноклеточными или нитчатыми водорослями, микроскопическими грибами, другими видами простейших, а как микрофаги — бактериями и детритом.
У простейших встречаются следующие типы питания: автотрофное, гетеротрофное и миксотрофное питания автотрофов - голофитный (происходит фотосинтез, зеленый пигмент локализован в храмофорах
