Система виділення представлена мальпігієвими судинами — сліпими виростами кишківника. У їхніх клітинах накопичуються екскрети. Речовини, що виділяються, заздалегідь зневоднюються, щоб уникнути втрати води. У деяких примітивних павукоподібних як органи виділення збереглися рудименти метанефридіїв.
