Бірінші лизосомалар жасушаға сырттан келіп түскен түйіршіктермен немесе сұйық заттармен қосылып, лизосоманың екінші түрін түзеді. Клеткаға сырттан келген түйіршік заттарды (фагоцитоз), сұйық заттарды (пиноцитоз) ыдыратуда осы лизосоманың екінші түрінің, рөлі күшті. Сонымен лизосоманың екінші түрі озінің құрамындағы ферменттердің (гидролаза) көмегімен келген заттарды қоршап алып оларды ыдыратады (полимерді мономерлерге дейін). Ыдыраған заттар гиалоплазмаға түседі де әр түрлі зат алмасу процестеріне қатысады.
