К особенностям строения инфузории туфельки можно отнести наличие в её морфологии усложнённого по сравнению с другими простейшими апарата пищеварения, который состоит из клеточного рта, продолжающегося клеточной глоткой, которая переходит в фагосому. Подобное усложнение связано с тем, что основной пищей для данного организма являются другие, более мелкие по своему размеру микроорганизмы.
Отдельно стоит выделить наличие в структуре инфузории туфельки двух ядер — микронуклеус и макронуклеус, которые позволяют данным микроорганизмам размножаться как половым, так и бесполым путём. При этом, как первый, так и второй, в случае такой потребности, может быть использован клеткой для аутолиза с целью продлить своё существование. При этом клетка потеряет один из возможных размножения, но сумеет продлить своё существование.
В структуре инфузорий-туфелек присутствуют также такие крупных размеров сократительные вакуоли, которые необходимы для выведения продуктов жизнедеятельности клетки из её внутреннего пространства. Кроме того, процесс выделения идёт также через всю поверхность внешней мембраны клетки. Подобное усложнение процессов выведение необходимо в связи со спецификой питания данного организма.
Передвигается данный организм при размещённых по всему телу длинных и многочисленных ресничек, большое количество которых обеспечивает ей преимущество в скорости над другими бактериями. Данная особенность, опять таки, связана с тем, что инфузории-туфельке необходимо в связи со спецификой её пищеварительных процессов активно нагонять стремящиеся убежать от неё другие микроорганизмы.
Таким образом, можно заключить, что инфузория туфелька является своеобразным переходным этапом от ведущих преимущественно аутотрофный и фототрофный по типу питания стиль жизни одноклеточных, к многоклеточным, для которых преимущественно свойственна гетеротрофность.
