У пресмыкающихся более сложная нервная система: есть зачатки коры больших полушарий, более развит мозжечок, а органы чувств при к жизни на земле – совершеннее зрение и слух, развиты органы осязания, обоняния, вкуса. У земноводных наиболее острое обоняние и практически отсутствуют вкусовые рецепторы.
Также у пресмыкающихся значительно более развиты кровеносная, дыхательная и выделительная системы. Взрослые животные обоих классов дышат легкими, однако личинки земноводных имеют жабры. Земноводные от 23% (у жаб) до 77% (у тритонов) кислорода получают через кожу, остальной воздух они заглатывают. Пресмыкающиеся полностью лишены возможности дышать через кожу, научившись вдыхать воздух в легкие.
Существенно отличается и размножения. Так у пресмыкающихся оплодотворение внутреннее. Они откладывают яйца, из которых вылупляются уже полностью развитые детеныши. Также есть виды яйцеживородящих рептилий, которые производят на свет полностью развившегося детеныша в кожистой оболочке. Разрывая ее, детеныш начинает самостоятельную жизнь. Есть и полностью живородящие пресмыкающиеся. Именно откладывать яйца в твердой скорлупе дало существенное преимущество рептилиям перед амфибиями, позволила им обосноваться на суше и широко расселиться по планете. У земноводных оплодотворение происходит в воде. Они мечут икру, из которой сначала вылупляются личинки. Только через два-три месяца они превращаются в детенышей.
У папоротей, так само як і у мохів, чітко представлено чергування статевого і безстатевого поколінь.

Влітку на нижній стороні папороті утворюються маленькі бурі горбки. У горбках знаходяться пучки дрібних мішечків — спорангіїв, у яких дозрівають спори.
Дозрілі спори випадають зі спорангіїв. Їх розносить вітром. При потраплянні до сприятливих умов, спори проростають, утворюють заросток (статеве покоління — гаметофит). Він живе самостійно, прикріплююється до ґрунту ризоїдами.
На нижній стороні заростка розвиваються чоловічі і жіночі гамети (сперматозоїди та яйцеклітини). Під заростком затримуються крапельки роси або дощової води, в яких сперматозоїди можуть підпливти до яйцеклітин. Відбувається запліднення.
