У мікроекосистемах невеликі, тимчасові біоценози, що називаються синузіями, перебувають у обмеженому просторі. До таких екосистем належать трухляві пеньки, мертві стовбури дерев, мурашники тощо.
Невелика, спрощена, експериментальна екосистема, створена у лабораторних чи польових умовах, яка може бути: a) отримана безпосередньо із природних умов (наприклад, зразки води, взяті з озера, можуть надалі підтримуватися при штучному світлі й газообміні; б) створена на базі аксенічних культур (організмів, що складаються тільки з одного типу, тобто вільних від яких-небудь забруднюючих організмів) з наступним розвитком до досягнення необхідного рівня в стані організмів і умов середовища. Також використовують поняття мікрокосм.
