Кукушкин лен имеет коричневатые стебельки, покрытые маленькими темно-зелеными листиками, и ризоиды. У кукушкина льна есть мужские и женские растения. На верхушках мужских растений размещаются половые органы, в которых развиваются подвижные половые клетки (гаметы) - сперматозоиды. У женских растений на верхушках расположены половые органы с женской половой клеткой (гаметой) - яйцеклеткой. На женских растениях после слияния мужской гаметы с женской развивается коробочка на длинной ножке, покрытая волосистым заостренным колпачком. В коробочках развиваются споры
