Еукаріоти є найбільшим за кількістю видів доменом клітинних організмів. Їхня систематика досі є предметом дискусій. Деякі дослідники пропонують виділяти серед еукаріотів до 20 царств. Наприклад, одні вчені об’єднують усіх найпростіших в одну групу. У цьому випадку амеби, інфузорії та евглени вважаються представниками одного царства Протисти. А інші вчені поділяють найпростіших на кілька груп. У цьому випадку амеби, інфузорії та евглени будуть представниками різних царств. Пов’язано це з особливостями походження еукаріотів.
У процесі еволюції вони неодноразово включали у свої клітини внутрішньоклітинних симбіонтів. Ці симбіонти і стали такими орга-нелами, як мітохондрії та пластиди. А пластидами могли ставати не тільки різні ціанобактерії, але й різноманітні еукаріотичні водорості. Тому часто досить важко визначитися із систематичною приналежністю деяких груп еукаріотів.
