Высшие споровые растения отличаются от водорослей тем, что имеют дифференциацию на органы и ткани (мхи частично). То есть у водорослей все клетки как одни, а у папоротников некоторые клетки образуют покровы, некоторые проводящие пути и так далее.
Другим отличием является то, что водоросли живут исключительно в водной среде (полностью в неё погружены, на глубине). А мхи, плауны, хвощи и папоротники частично от неё зависят (необходима для размножения), то есть мы можем увидеть их над толщей воды, а водоросли исключительно на дне.
