Найважливіша особливість еукаріотичних клітин пов’язана з розташуванням генетичного апарату в клітині. Генетичний апарат всіх еукаріот знаходиться в ядрі і захищений ядерною оболонкою (по-грецьки “еукаріот” значить має ядро). ДНК еукаріот лінійна (у прокаріот ДНК кільцева і вільно плаває в цитоплазмі). Вона пов’язана з білками-гістонами та іншими білками хромосом, яких немає у бактерій. В життєвому циклі еукаріот зазвичай присутні дві ядерні фази (гаплофаза і діплофаза). Перша фаза характеризується гаплоїдним (одинарним) набором хромосом, далі, зливаючись, дві гаплоїдні клітини (або два ядра) утворюють диплоїдну клітину (ядро), що містить подвійний (диплоїдний) набір хромосом. Через кілька поділок клітина знову стає гаплоїдною. Такий життєвий цикл для прокаріот не характерні.
