Несмотря на маленькие размеры, простейшие составляют значительную долю общей биомассы нашей планеты и оказывают заметное влияние на окружающую среду. Простейшие, обитающие в морях, океанах, пресных водоёмах, почве и паразитирующие в других организмах, играют важную роль в круговороте веществ и потоке энергии. Как и прокариоты, простейшие играют в жизни человека и положительную, и отрицательную роль.
Есть одноклеточные, осуществляющие фотосинтез — автотрофы (зелёные водоросли), есть растительноядные — фитотрофы (питаются водорослями), есть хищники и паразиты — гетеротрофы (питаются другими одноклеточными или мелкими многоклеточными), есть и сапротрофы (питаются мёртвым растительным или животным материалом).
У одноклеточных относительно быстро протекают метаболические процессы, поэтому они вносят большой вклад в круговорот веществ в биогеоценозе, особенно в круговорот углерода. Кроме того, одноклеточные животные (простейшие), заглатывая и перевариваябактерии (т. е. первичных деструкторов), ускоряют процесс обновления состава бактериального населения. Растительноядные и хищные организмы тоже выполняют свою функцию в экосистеме, непосредственно участвуя в расщеплении растительного и животного материала.
