Как правильно ben brushes/is brushing his teeth every morning ? видел ответы на данное , но мне нужно понять почему так и попытаться объяснить ребёнку.

Смотрите,
Бэн чистит зубы каждое утро,
Нужно употребить is brushing

Т.к это настоящее длительное время. Это грамматика английского. Если употребить без "жесткого" указания every morning, то получается, что Бэн чистит зубы в данный момент времени

А brushes - это щетки (кисти) , просто множественное число 

Ben brushes
это действие происходит каждый день,изо дня в день. этоPresent Simple. А is brushing происходит в данный момент.этоPresent Continuous.сказуемые образуются по разному.