Разницы нет, обычно они означают то же, но «were where you» в , а «where have you been» в настоящем времени.
пример:
"Джон, где ты был ночью?"
'"Джон, где ты был последние несколько часов?"
'John, where were you last night?'
'John, where have you been for the past few hours?
