Есть выражение,например, Jessica,stop jumping. Тут используется время Present Continues, но ведь в предложениях этого времени всегда с глаголом и инговым окончанием есть am, is, или are. Например She is working now. Так почему же в том случае нигде не употребляется am, is, are?

Ваш пример - это не Present Continuous, а повелительное наклонение глагола stop + герундий jumping.

Герундий - это неличная форма глагола, которая образуется от инфинитива добавлением -ing: jump - jumping, go - going.

Герундий похож и на глагол (тем, что обозначает действие), и на существительное (тем, что может быть в предложении подлежащим и дополнением).