Здесь "It" не одно. It rainS. Эта s говорит о наличии Present Simple. Так что здесь всё правильно.
Тут такая тема: есть некоторые слова, которые могут быть как существительными, так и глаголами.
В английском языке есть строгая расстановка слов в предложении: подлежащее, сказуемое, дополнение, обстоятельство. Т.е. на втором месте должен быть глагол. Если глагола нет, используем Is.
Возьмем Ваш пример
It rains-rain-глагол, добавляем -s, т.к. Present Simple, третье лицо (it)
It is rain-is-глагол. Если переведем на русский, получим просто ,,дождь,, глагола нет, значит нужно использовать is.
К слову, это безличные предложения, там вообще отдельная тема.
snow, drizzle, hail-тоже относятся к группе слов, которые могут быть и глаголами, и существительными, используются в безличных предложениях.
